星海音乐厅的这架管风琴出自捷克的Rleger-Kloss，该厂曾被指定为奥匈帝国的御用管风琴厂。

管风琴在星海音乐厅建成当时是亚洲最大的巨型管风琴，价值近1000万人民币，重40吨、宽14米、高9米、深5米，配置四层手键盘、一层脚踏键盘、84音栓、加强弱音踏板，有音管近7000根。音管既有金属管，也有木制管，最大的，可让一个小孩钻过；最小的，比筷子还细。

星海音乐厅的管风琴还配备了管钟和铃铛，这甚至在欧洲也并不多见，因为管钟和铃铛的造价非常高，相当于多配置一组音栓和音管。

星海音乐厅又一“镇馆之宝”。羽管键琴是起源于15世纪的古老乐器，在形制上与现代的三角钢琴相似，但琴弦是用羽管拨奏而不是用琴槌敲击的，所以也称“拨弦古钢琴”。

星海音乐厅的这台双排键羽管键琴由世界著名羽管键琴制造商德国纽珀特（J.C.NEUPERT）公司制作，当时是中国第一台，造价将近50万元。目前，相同型号的羽管键琴在全国也仅有5台。

羽管键琴是还原十七、十八世纪西方皇家贵族音乐时，必须要使用到的音色独特的乐器。由于在国内拥有羽管键琴的演出场馆不多，所以有时候外地演出场馆也会向星海音乐厅借用。这台琴曾经最远被借到北京，当时为了保证运输的安全，请了专业的物流公司将琴运达北京，并购置了高额保险。

每用一次羽管键琴所需的调律费高达2000元。

除了有镇厅之宝巨型管风琴和羽管键琴外，星海音乐厅还配备了三台STEINWAY&SONS（斯坦威）、两台BOESENDORFER（贝森朵夫）、一台YAMAHA（雅马哈）九尺音乐会演奏级钢琴。此外还配备了一部进口音乐会演奏级竖琴，一部马林巴琴，一套5件式的高级定音鼓等各种乐器。这些乐器都存放在恒温恒湿的大型乐器陈列室和各个琴房里边。